Buenas tardes,
Si emites la factura en el régimen especial de agencias de viajes, esta SIEMPRE será IVA incluido. Otra cosa es que como nos enseñaron recientemente en un webinar gratuito sobre el REAV, hagas la renuncia al régimen (solo si el cliente es un profesional o empresa) y factures en régimen general, en cuyo caso si irá con desglose de IVA.
Te recomiendo que estés atento a esta web, pues van sacando de vez en cuando webinars gratuitos sobre el régimen especial de agencias de viajes (el último hace una semana):
https://www.gesintur.com/software-de-gestion-de-agencia-de-viajes/giav-formacion-reav/
Un saludo y espero haberte ayudado.