@Maruchi30
A ver, te cuento varias cosas y luego eliges tú:
Primero, si, quitar un 5º día a Kioto es factible. Con 4 días en Kioto ves lo más importante.
Y si, 3 días para Tokio da para lo básico, vistazo a los barrios principales y ya. Si no se puede, pues es lo que hay, pero si le puedes dar un 4º día, sin que afecte demasiado al resto, pues puede ser buena idea.
La excursión al Fuji, en verano, no es lo ideal (con calor se suele generar niebla y las vistas no son muy buenas), pero si te garantizan que más o menos lo podrás ver bien y que te permiten cambiar de fecha la excursión, pues creo que es una "oferta" muy buena.
Como habrás visto en su web, aunque no todas las empresas enseñan lo mismo, la gran mayoría de cosas si, y ya ves que es muy variada y puede ser interesante incluso sin que el clima sea lo mejor.
Lo de dormir allí no es muy factible... Porque a ti te van a recoger en Mishima (parada anterior a Shin-Fuji), por la parte sur del Fuji. No conozco esa estación pero no creo que te solucione mucho dormir la víspera ahí y madrugar (porque no estarás cerca como para ver nada), ni tampoco puedes planear eso si ni siquiera sabes qué día exacto vas a ver el Fuji.
Y si tu idea fuese ir 2 veces al Fuji, una con la excursión de esa web que te recoge en Mishima, y otra pues, no sé , dormir por la zona de Fujisan, cerca del lago Kawaguchiko, pues estarías repitiendo el mismo problema que estás planteando ahora mismo... Que reduces mucho la estancia en Tokio.
O, si tu idea fuese no hacer la excursión organizada e ir por tu cuenta, por tu cuenta apenas ves nada, y te la juegas a que reserves alojamiento en la zona y que luego el día sea penoso (lluvia, niebla, lo que sea).
Deberías pensar qué es prioritario para ti, por ej. Yo soy muy contradictorio, por un lado me encanta ver templos y hacerles fotos, yo a Kioto siempre le doy más de 5 días, pero por otro lado ,también soy friki, por lo que le tengo dado incluso 9 días a Tokio... XD
A qué le darías tú mayor importancia?
Si te sirve, 4 días Tokio , 4 días Kioto y mantener esas 3 excursiones desde Tokio es algo coherente y equilibrado. Si no quieres renunciar a nada, es la mejor opción. Pero no dormiría en el Fuji. Y, o no vería el Fuji, o lo haría con excursión organizada.