Para viajar de Praga a Viena lo mejor en mi opinión es el bus. En solo 3 horas estás allí, y no es nada inconfortable. Con FlixBus tienes hasta wifi graits, es baratísimo y los buses salen cada hora o cada dos horas cada día, de manera que puedes ir cuando te de la gana. Aquí dejo un enlace
www.flixbus.es/rutas/praga-viena