Hola!
Al desierto sí que puedes ir con un coche de alquiler. No es necesario 4x4.
A Merzouga puedes ir desde Ouarzazate. Si vas a ir a Fez podrías hacer: Marrakech-Ouarzazate-Merzouga-Fez
Nosotros hicimos 1 noche en Ouarzazate, 2 noches en el desierto, y luego ya subimos a Fez. Nosotros hicimos también una noche entre Ouarzazate y Merzouga, en Dades, pero porque nos desviamos para visitar el valle de las rosas y queríamos conocer el Dades, pero se puede hacer Ouarzazate-Merzouga en un día, parando por el camino en las gargantas del Todra.
Nosotros al desierto llegamos un día al atardecer, el día siguiente lo pasamos completo, viendo la zona (ibamos en 4x4 por lo que dimos una vuelta rodeando las dunas, aunque sin meternos), el pueblo de Rissani... Una noche dormimos en un albergue, y otra noche en las jaimas en el desierto (se va en dromedario y se duerme en las tiendas en medio de las dunas).
Si vais pillados de tiempo se puede hacer sólo 1 noche en el desierto, pero en mi opinión es un poco paliza. De Merzouga a Fez hay una tiradilla, y si el día antes también has tenido mucho coche y además has dormido en el desierto, con el madrugon para ver el amanecer...
Te dejo el diario que hice del viaje por si te sirve de ayuda:
www.losviajeros.com/Blogs.php?b=361