Hola!
Yo viajo a Praga y Budapest en julio. Espero que te sirva de ayuda. Hay un tren que es nocturno pero me han dicho que duermes fatal porque las camillas son incomodissimas,el recorrido son unas 8 horas. Luego hay otras de gran velocidad que tardan unas 4 horas pero vale 180 euros por persona, caríssimo.
espanol.raileurope.com/us/index.htm
También hemos mirado la opción de alquilar un coche y hacer un poco de aventura pero vale sobre los 400-500 euros. Total, que hemos tenido que coger un avion que sale a las doce de la noche de budapest y nos cuesta unos 150 euros por persona... La verdad es que esta muy mal para desplazarse entre estas dos capitales.