Hola, yo lo que recomiendo es asegurarse del tiempo que el crucero estará en Santorini. Muchas veces las paradas son sólo de pocas horas con lo que no se puede ver gran cosa. Además de lo que han comentado los otros, OIa, Fira.., yo recomendaría Akrotiry y sus yacimientos minoicos, las playas del sur, Pyrgos, los molinos... Y con tiempo, una excursión a Thirasia y Nea Kameni, las islas de la caldera...
Lo del coche indispensable con poco tiempo, pero hay autobuses también.
Para más información os dejo esta guía, la más completa en español.
www.islasantorini.es
Saludos y buen viaje