Hola Mari!!!
Entre las dos islas es mucho mejor moverte en ferry, que se coge en Playa Blanca y tarda unos 45 minutos. Ademas, puedes pasar el coche de una isla a otra.
Las dos companias (perdona la "enie", pero este teclado no tiene, jajaja, ni tampoco tildes) que hacen la ruta son Fredolsen y Naviera Armas.
Por otro lado, en Fuerteventura no merece la pena estar muchos días, depende de lo que quieras hacer, pero para verla con un día tienes, y para disfrutar de sus playas puedes estar unas 2 noches.
Ve a Canarias, no te arrepentiras. Si tienes mas dudas, ya sabes que estoy por aquí.
Saludos!