De Guatemala a Honduras tienes mucho transporte y varios lugares para cruzar la frontera. Creo que la pregunta la habrias tenido que hacer de otro modo: ¿Como voy de Cancun a Guatemala?
También es importante saber a que zona de Honduras vas: no es lo mismo ir a la pacifica que a la del Caribe.
Un apunte mas, hay una carretera fronteriza en el sur de Mexico, que te puede ayudar:
www.mexicodesconocido.com.mx/ ...iapas.html
Cruzar por Belice no parece lo mas seguro.
La ruta que yo conozco pasa por Tikal y el Peten, pero no es la mas segura. Mas al oeste parece que la cosa esta mejor.
Sobre el autostop, advertirte que normalmente se espera que les des algo (no es gratis) y que no es el metodo mas rapido de hacer el trayecto.