Te voy a intentar responder a las 3 preguntas:
1) Yo te recomiendo mejor expedia.com por dos razones: es la página americana y tendrás todavía menos problema en el hotel; y porque te cobran en dólares y al cambio te ahorras mucho más dinero (el cambio que aplican en expedia.es es malísimo).
Yo he contratado varios hoteles con expedia.com y no he tenido absolutamente ningún problema.
2) Yo creo que he tardado lo mismo en ir a Newark que a JFK. No se la distancia en kms, pero el único problema en ir a Newark es que tienes que pagar la autopista de peaje.
3) Yo me he alojado en el Milford y bueno.... El hotel no es ninguna maravilla aunque es correcto. Tuvimos algunos problemillas de bichos en la habitación (unas cucarachas del tamaño de pelotas de ping pong--- Ya sabes, en EEUU todo es a lo grande
), pero la situación es buenísima.
La segunda vez estuvimos en el Paramount y mil veces mejor , incluso más cerca aún de Times Square. Eso si, cogimos una oferta que nos salía por lo mismo que el Milford, pero ahora parece que está mucho más caro.