Hola¡¡¡ Sobre el tema del tren no te puedo informar ya que yo hice los trayectos en avion con malev, fueron trayectos de una hora más o menos y no salieron caros, pero lo hice fuera de temporada alta.
Te facilito algunos enlaces para que mires hoteles aunque hay un monton más.
www.accommodationinczech.com www.bookings.es www.slovakia-bookings.com
En temporada alta los precios se incrementan considerablemente por el turismo. Otra cosa a tener en cuenta es que sean hoteles centricos. Aunque disponen de buen transporte siempre es mejor estar alojado cerca del centro. En Praga mira que esta en el distrito I, en Budapest en la zona de Pest (en Budapest los sitios turísticos de la ciudad están más dispersos que en Praga). Saludos.