Muy buenas Ainhoa, pues depende del avión...hay aviones que tienen todas las bodegas calefactadas (como el a320), pero hay otros que solo estan levemente climatizadas (MD80).
Lo que puedes hacer es pedir en facturación que te metan el equipaje en la bodega donde se lleva a los animales, esa siempre va con la temperatura muy parecida a cabina. Ahora, no te puedo garantizar que te digan que si...mejor llama a la compañía con la que viajas