Las dos ciudades están bien para un fin de semana. Yo miraría los horarios (ver donde puedes estar más tiempo) y precios y elegiría en función de estas dos variables.
Yo estuve en Lisboa hace años y la verdad que no me termino de gustar. Oporto si que me pareció preciosa, para un fin de semana es bastante asequible y tiene ese regusto antiguo y decadente tan atractivo, y se come taaan bien, y es taan barato jejjjeje. Me gusto mucho.
Lisboa es mas monumental pero mas fea para mi gusto, y Oporto es mas bonita y acogedora al ser mas pequeña.Todo es cuestión de gustos pero el finde pasado estuvimos en Oporto 5 personas que ya habíamos estado el año pasado en Lisboa y a 4 nos gusto mas que Lisboa y otro dice que le gustaron ambas por igual.
Si es una visita corta solo para dos días por ejemplo merece mas la pena Oporto ya que se ve bien de sobra en esos dos días, mientras que Lisboa aunque también se puede ver en 2 días si se aprovechan bien merece la pena gastar al menos un día extra en visitar Sintra que esta cerca y fue lo que mas nos gusto de la visita a Lisboa.
Yo estuve 3 días en Oporto y 3 en Lisboa. Oporto es más pequeña, más acogedora y tradicional y económica. Lisboa es más moderna y algo más cara y grande.
Yo me decanto por las dos, pero si no tienes tiempo Lisboa es espectacular. A mí me encantó. Pero es cierto que Oporto tiene el encanto de lo tradicional, y es más barato.