Yo no he estado en Tallinn, pero sí en Riga, y es chulísimo. Creo que sí merece la pena parar aunque sea un día (aunque por lo que he leído Tallinn es más bonita).
En
www.eurolines.ee
Puedes ver los autobuses...
Por ejemplo Varsovia - Riga: 40 Euros (ida nada más)- sale a las 7 y media de la noche y llega a las 8 y 15 de la mañana siguiente.
(desde Bialystok, en la frontera son 33 euros, es el mismo bus)
Si llegas a Varsovia (me imagino que no será problema ir en autobús o tren desde Gdansk), puedes ir desde allí o incluso desde Bialystok (en la frontera con Lituania).
Riga-Tallinn también hay autobuses de Eurolines (desde 17,60 euros)
Yo hice el año pasado Varsovia-Riga-Vilnius- Bialystok- Varsovia en autobús eurolines (excepto el tramo Bialystok- Varsovia que lo hice en tren), parando en cada uno de los sitios y fue muy interesante (aunque Bialystok no es especialmente bonito, fue más bien para descansar).
Ferry no creo que haya... Al menos a Tallinn (desde ahí solo hay a Helsinky, Stocolmo y poco más).