He podido averiguar lo que me preocupaba.
Lo cuento por aquí por si a alguien le pudiese servir. No hay problema en alquilar con titulaciones náuticas españolas. Se puede alquilar sin problemas con PNB, PER, PY o CY españoles.
Dejo algunas páginas interesantes, con alquileres en sitios con fácil llegada desde Gdansk vía tren:
En Iława, un sitio precioso.
www.wynajemlodek.info/en/dojazd.php
Una página buscadora de charter con muchos puertos base a elegir:
www.czartery24.pl/
Charter en Ostróda:
www.zagle.ostroda.pl/czarter.htm