@Thenea, lo que preguntas yo creo que está ya respondido en los hilos. No obstante, te digo lo que yo hice.
Desde Estación Central, cogí un tren hasta Varenna por 14,20 euros. Luego cogí un ferry desde Varenna a Bellagio por 14,20 euros. Desde Bellagio cogí un ferry a Como por 29,60 euros. Finalmente, cogí un tren desde Como S. Giovanni hasta Estación Central. Todos los precios que te indico son para dos personas.
Yo fui en invierno y había poca frecuencia de ferrys, y encima el tren salió una hora tarde por una avería, por lo que se nos descuadraron todas las horas de ferrys, pero para mi fue suficiente para hacerme una idea de los pueblos del lago.
En Como hay otra estación (Como Lago), y el tren que sale desde esa estación directo a Milán va directo a otra estación de Milán (no Esación Central), pero no recuerdo ahora el nombre. Dependiendo de dónde te alojes, te puede convenir o no….
Saludos.