Se pueden llevar, pero yo optaría por minimizar maletones, en la mayoría de hoteles y en loshostels teneis lavadoras/secadoras.
Si pillas hora punta puedes acabar hasta las narices de las maletas xD nosotros llevamos solo una maleta grande y las dos mochilas.
Para la vuelta, compramos otra mochila grande y la facturamosjunto con lamaleta (por el tema regalos)
Hiroshima/Miyajima se puede hacer en un día. Todo depende de lo qu ete pares a ver.
Takayama en un día también se ve.
Hakone, no he ido pero te diría que mejor hacer noche. Hay quien lo ha hecho en un día, pero es maratoniano desde mi punto de vista.
Para ver tokyo, mínimo 3 días, si puede ser mas mejor (aunque va a gustos). El día que vas a Nikko puedes aprovechar para la tarde seguir viendo tokyo.
Osaka mejor de ir por la tarde/noche. La zona de dotonbori es curiosa y está cerca de Kyoto para ir a cenar.
Después depende de si quieres ver mas cosas en Osaka o no...va a gustos. Yono fui al castillo ni a la zona de Umeda por ejemplo.
De Nagoya y kobe no puedo opinar. Creo que dependerá del tiempo que vayas.
La ruta de nakasendo es algo que quiero hacer en mi próximo viaje.
El Jrpass dependerá de por donde entres y salgas...Yo para 23 días usé el de 7, pero entraba por Tokyo y salíapor Osaka.
Para saber en que trenes sirve el Jrpass pasate por el post que va del tema
para el metro no sirve, pero en Tokyo hay lineas JR como la Yamanote.
Mi consejo es que te mires algunos diarios y blogs, yo fui 23 días, en mi firma puedes hecharle un ojo a mi recorrido.
Por que luego cada cual tenemos nuestros gustos y le dedicamos mas tiempo a una temática u otra.