Kioto está bien... Pero 2 días para Tokio me parecen muy insuficientes...
Quizás quitando Kanazawa y Kamakura.
No pones ni cuando vas ni a qué días de la semana corresponde cada excursión, aunque el viaje es bastante lineal, con lo que no tendrás muchas opciones de hacer cambios de orden.
Jrp de 7 días me parece bien, pero dejaría Nara y Kamakura sin jrp, y no el Fuji. Echa un ojo a la web de
www.hyperdia.com, donde verás las rutas, tiempos que tardan, precios ,etc y ves lo que cuesta cada excursión.