Si los billetes son conexionados tu equipaje vuela directo a destino, y lo que es más importante, en caso de que el primer vuelo llegará con retraso y el segundo hubiera salido ya, tienen la obligación de buscarte otro vuelo.
De todas formas con 45 minutos no creo que tengas ningún problema, en cuanto salgas a la zona de transito te vas hacia la nueva puerta de embarque y con ese tiempo vas bien. No te entretengas a mirar tiendas.
He volado varias veces con Lufthansa y bien, son bastante eficientes.