Estuvimos de crucero esta semana santa precisamente por las ciudades que comentas, algunas excursiones las hicimos por libre y otras contratadas:
En
Atenas al ser una ciudad grandey tener el tiempo limitado contratamos Atenas y Acropolis, nos costo 47€ y en mi opinión es más que suficiente, nos decepcionó un poco estaba todo muy sucio

(estaban en plena huelga de servicios de limpieza) y el Acropolis masificado de turistas.
Rodas la hicimos por libre, al salir del barco cogimos un taxi que por un precio pactado nos llevo a Lindos nos dio una vuelta por parte de la isla, nos hizo de guia, parando siempre que queriamos, sin problemas de tiempo y luego nos dejo en Rodas en la parte medieval ya por libre hay muchas tiendecitas así que hay que administrar bien el tiempo. Lindos no te lo puedes perder, ya sea por libre o contratado es super bonito todo de casitas blancas con calles empedradas con su castillo de los caballeros en lo alto. Lo que no vimos fue Filermos así que no te puedo orientar.
Santorini Es otra isla preciosa, quizás una de las que más, contratamos la excursion de Oia i Fira, nos costó 43€, la guia no nos explicó mucho, pero es que en esta isla vale más una imagen que mil palabras, las vistas son espectaculares y lo más divertido fue bajar desde Fira en burro, pobres burros, no hacen otra cosa en todo el día, pero para nosotros fue una experiencia inolvidable.
Mikonos el servicio de traslado a la ciudad nos costó 6.50€, también es una isla muy bonita pero quizas al ser marzo y tratarse de una isla sobretodo de veraneo no tenía la vida que suele tener en agosto, fue muy divertido encontrarnos con el pelicano que ronda por Mikonos aunque es tan grande que da un poco de respeto.
Corfú la hizimos por libre, quisimos pactar un precio con un taxista y nos pidió una barbaridad y como justo al lado alquilaban coches contratamos uno por 45€ todo el día, ibamos sin apenas información así que fuimos un poco a la aventura, encontramos un par de calas preciosas y de camino nos encontramos al autobus de la excursión y a taxis de gente que iba en nuestro crucero así que los seguimos y llegamos a Achillion el palacio de veraneo de Sisí Emperatriz, la verdad es que nos decepcionó un poco porque te dejan ver lo minimo y en sí la isla no tiene mucho, de todas las que vimos esta es la que menos nos gustó así que agradecimos no haber pagado la excursión.
Dubrovnick Es muy bonito, la hicimos por libre, cojimos un taxi del puerto hasta la fortaleza, hay capillas muy bonitas y callecitas con interminables escaleras y a no ser que quieras ver toda la isla creo que es más que suficiente, es precioso.
Espero que te haya servido de ayuda.