Hola Sissi, yo acabo de volver de la toscana y tambien nos fuimos a ver las cinque terres desde pisa. Puedes ir en tren desde la estación central de Pisa, hay regionales y el flechablanca (mas caro), mirate los horarios en la página de trenitalia, con el regional nosotros nos fuimos a las 8:10 de la mañana y llega alli a las 9:10 y creo que costaba unos 7,40€ por persona y trayecto, este tren te deja en la estación de la Spezia, alli te compras la cinque terres card, que te permite subir y bajar de los trenes para visitar los pueblos de las cinque terres, hay un horario de trenes y es ir bajando y subiendo según te interese para ir visitando los pueblos, luego te vuelves con el regional a Pisa.
Cualquier cosa que quieras saber y pueda ayudarte preguntame sin problemas, que lo tengo fresquito.
Un saludo.