Como dice Traveller3, no hay el vuelo perfecto, porque hay muchísimas circunstancias que pueden afectar a la decisión.
Por ej. Yo volé en el último viaje a Osaka... Subí a Tokio (con paradas intermedias), bajé a Kioto y volví a subir a Tokio (vuelo de vuelta)... Y estas "incongruencias" de debieron a varios factores: visitar un parque temático que hubiera cerrado en las fechas que realmente tendría que visitar si hubiese hecho el viaje lineal, y retrasar la visita a Kioto al final del viaje para poder ver bien el momiji (colores rojos otoñales)...
A otros les puede pasar algo similar si viajan en primavera, época de hanami (sakura: cerezos en flor), o en verano (julio-agosto con festividades importantes a mediados de mes que quizás sea bueno evitar)
Y quien dice eso, pues puede haber otros muchos motivos... Por eso lo de volar a Osaka y salir por Tokio... O al revés, o entrar y salir por Tokio va a depender de cada persona.
Si es cierto que ahorrarse un tren Tokio Kioto puede ser algo a tener en cuenta (unos 75-80 euros), pero a veces hay circunstancias que pueden hacer valer la pena ese gasto...
... Incluido, claro, el precio del vuelo, que no siempre aparecen las mismas ofertas y los mismos aeropuertos, depende de cada situación o época...
(y otro factor a tener en cuenta para algunos, quizás sea volar con compañías que permitan viajar con 2 maletas... Especialmente a la vuelta

)
Eso no quita que alguien le convenga entrar por Osaka y salir por Tokio (o al revés) y encuentre un buen vuelo con buen precio y buenos horarios... Si toca, pues eso, felicidades... Pero sino, pues hay que adaptarse a lo que se encuentre....
...pero si, yo también soy de la opinión de que , salvo circunstancias importantes, acabar en Tokio es bueno, porque así puedes dejar las compras para esos últimos días y no tener que andar cargando la maleta todo el viaje con compras extras...