Nosotros acabamos de volver hace dos días, así que lo tengo fresco

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Dudamos bastante en cuanto a donde comprarlo antes de ir y teníamos bastantes dudas de como usar el pase una vez allí, pero os comparto mi experiencia por si os sirve.
Compramos el pase Kansai - Hiroshima en la web de JR para poder hacer reservas en la web de asientos antes de ir. Al comprarlo ya te pregunta directamente en qué fecha quieres activarlo, así que no te hace falta activarlo en ninguna parte cuando llegas a Japón y un mes antes del puedes comprar los billetes con sus asientos reservados para los trayectos que ya tengas claros.
Eso sí, dado que es un pase de JR West, solo puedes intercambiarlo en la zona West de JR. Nosotros lo hicimos en la estación de Kioto, pero cuando lo compras, en la misma confirmación te sale un listado de las estaciones donde puedes intercambiarlo.
Una vez llegas a la zona west, puedes sacar el pase y los billetes que hayas reservado en la oficina o en la máquina. Nosotros lo hicimos en la máquina y tardamos dos minutos.
Te pide que insertes la tarjeta de crédito con la que lo has comprado, te muestra el JR pass y todas las reservas que has hecho, seleccionas las que quieres imprimir y te sale ya tu pase y todos los billetes impresos para usarlos en el día que hayas escogido.
De lo que no fuimos capaces es de reservar asientos en la máquina, pero cada vez que necesitamos coger un tren para el que no habíamos reservado billete (en nuestro caso Himeji - Hiroshima e Hiroshima - Osaka), nos íbamos a la taquilla, pedíamos un billete para tal sitio y te lo daban en un minuto con tus asientos reservados para el primer tren disponible. Hay tantos que en el peor de los casos tuvimos que esperar 30 minutos porque el tren anterior estaba ya lleno.
También puedes simplemente meterlo en el torno y subirte al tren que quieras en un vagón de asientos no reservados, pero si va bastante llenito, tendrás que sentarte donde puedas o ir de pie. Los shinkansen tienen un par de vagones sin reserva y se llenan rápido.
En el caso del ferry a Miyajima, si tienes el pase, simplemente vas a la máquina de tickets, pagas la tasa turística de 100 yenes en la máquina, le enseñas tu pase y el billetito de la tasa al revisor y embarcas en el ferry sin problemas. A la vuelta a Hiroshima ya no hace falta ni pagar la tasa, así que simplemente enseñas el pase y ya está.
Una vez allí nos pareció cómodo y simple, la verdad.