@Tatisheri
A tu pregunta del 30 de julio, dormir en algún ryokan con onsen en Takayama no sería mala idea... (Matsumoto está a 2 horas en coche)
... Dormir en Matsumoto (y así ver el castillo de noche que mola bastante), tampoco sería mala idea, ya que el 31 sería ver el castillo por la mañana y tener la tarde libre para improvisar (un vistazo a Nagano? o bajar al Fuji si ves que el tiempo meteorológico te puede hacer necesitar ver ya algo del Fuji ese día)
Una tercera opción, si te interesa (aunque desconozco precios, siendo verano y faltando un mes igual los precios puedan influir en la decisión), es que entre Takayama y Matsumoto hay varias zonas de onsens... Yo no los conozco, pero tienen fama sitios como Shirahone onsen, Hirayu onsen, etc
www.japan-guide.com/e/e6042.html
www.japan-guide.com/e/e5942.html
Personalmente, dado que el 30 ya despiertas en Takayama y tienes el día para Takayama, ese día a la tarde podría ser buena idea dormir ya en Matsumoto... Así el 31 despiertas en Matsumoto, ves el castillo a primera hora (y si puedes, verlo la víspera a la noche), y luego tendrías ese día 31 de comodín... Si el tiempo no es bueno, Nagano y ver algún templo famoso como el Zenkoji puede ser buena opción...
Y si el tiempo es bueno, pues bajar al Fuji, ver ya algo y dormir en el Fuji, me parece la mejor opción, ya que así despiertas en el Fuji el 1 y ya empiezas desde temprano a ver cosas (que son muchas y hace falta el tiempo),
Así que de todas las opciones, la de dormir en en Fuji el 31 me parecería fija... Y entre las muchas opciones de donde dormir el 30, elegiría Matsumoto o algún onsen cerca de Matsumoto (pero a efectos de practicidad, creo que dormir en Matsumoto te puede ser más cómodo desde un punto de vista de optimizar la ruta)
Dado que irás, imagino, a Kamakura con la maleta (opción que no hubiera hecho, dada la cercanía entre Kamakura y Tokio, iría directamente a dejar la maleta ya en Tokio), me plantearía, si ves que te sobra tiempo un día de los de Tokio, acercarme una tarde-noche a Yokohama.
Me hubiera planteado dormir el día 1 en Hakone, así tendrías el día libre entero para Hakone para hacer turismo, e incluso me plantearía mandar la maleta de Hakone al hotel de Tokio... Así podrías ir con solo una mochila y una muda de ropa a Kamakura, más cómodo y sin el engorro de andar con la maleta.