@Jua76 en los vuelos conexionados el equipaje siempre va al destino final.
Si pierdes el vuelo, la aerolínea te ofrecerá alternativa, puede ser en el siguiente vuelo... O no, depende de la disponibilidad.
Si la aerolínea vende en su web esa combinación de vuelos es porque entienden que el tiempo de escala es suficiente.
No dices en qué aeropuerto es la escala y este dato es clave: no todos los aeropuertos son igual de grandes y/o complicados para una escala corta.