Mnajdra es uno de los complejos megalíticos más antiguos y sofisticados del mundo, situado en la costa sur de Malta, a unos 500 metros cuesta abajo de Hagar Qim, con el que formó un conjunto ritual usado probablemente por la misma comunidad neolítica. Se trata de un templo construido entre 3600 y 3200 a. C., dentro de la fase Ġgantija del Neolítico maltés, y forma parte del conjunto de Templos Megalíticos de Malta inscritos por la UNESCO como Patrimonio Mundial en 1992. Esto aparece confirmado en la documentación de Heritage Malta, que describe Mnajdra como un complejo de tres estructuras que datan del Neolítico tardío, con más de cinco mil años de antigüedad y reconocido por su valor excepcional dentro de la arquitectura prehistórica del Mediterráneo.

El emplazamiento está construido principalmente con dos tipos de caliza: globigerina y coralina. La globigerina es más blanda y se erosiona más fácilmente, mientras que la caliza coralina es más dura, lo que explica por qué Mnajdra se ha conservado mejor que otros templos malteses. Esta diferencia de comportamiento entre los materiales se menciona en estudios comparativos de conservación en los que se observa que estructuras como Mnajdra, hechas en su mayor parte de caliza coralina, muestran menor desgaste que Hagar Qim, más expuesto y construido mayoritariamente con globigerina.
Mnajdra está formado por tres templos unidos entre sí pero construidos en momentos distintos. El más antiguo es el pequeño templo norte, de tres ábsides. Le sigue el templo sur, el más famoso del conjunto, con una fachada cóncava que da acceso a un corredor central flanqueado por cámaras semiovaladas. Finalmente, el templo central se construyó sobre una plataforma artificial entre los otros dos. Esta secuencia evidencia un uso continuado del lugar durante siglos y una evolución arquitectónica clara. Cada estructura presenta el patrón típico de los templos malteses: un patio exterior, una monumental entrada trilítica y cámaras interiores dispuestas de manera simétrica alrededor de un eje central, lo que da al conjunto una sensación de armonía y planificación avanzada en una sociedad que no conocía la escritura ni los metales.

Uno de los rasgos más llamativos de Mnajdra es su relación con los fenómenos astronómicos. La puerta principal del templo sur está alineada de tal manera que durante los equinoccios de primavera y otoño el sol sale exactamente enmarcado en el acceso, iluminando el interior del templo con un haz de luz directo. Durante los solsticios, el sol nace desplazado hacia un lado, iluminando alternativamente distintos bloques decorados dentro de la cámara delantera. Estas alineaciones están documentadas por Heritage Malta y muestran que los constructores tenían conocimientos precisos de los ciclos solares, lo que sugiere que el templo pudo servir como marcador ritual o calendario arquitectónico basado en la observación del cielo.
Las excavaciones realizadas desde el siglo XIX han revelado objetos que ayudan a comprender la vida ritual del lugar: cerámicas decoradas, herramientas de sílex, huesos de animales sacrificados y pequeñas estatuillas de piedra asociadas a la fertilidad o a divinidades protectoras. No se han encontrado enterramientos humanos, lo que refuerza la hipótesis de que los templos eran espacios de culto y no necrópolis. El uso de nichos, hornacinas y cámaras laterales sugiere un diseño pensado para rituales específicos, quizá vinculados a ciclos agrícolas, iniciaciones o ceremonias comunitarias. El templo, por tanto, era un punto central en la vida espiritual de las comunidades neolíticas de Malta, que vivían en pequeños asentamientos pero se reunían en estos grandes edificios para actividades colectivas.
La ubicación de Mnajdra parece cuidadosamente elegida. Está construido en terrazas naturales de roca, orientado hacia el mar abierto y con vistas al islote de Filfla.

El acceso desde Hagar Qim se hace por un sendero que desciende la colina, lo que muestra que ambos complejos estaban conectados físicamente y, muy probablemente, también simbólicamente. Este paisaje sacralizado, donde arquitectura, astronomía y entorno natural se integran, es uno de los rasgos más singulares de los templos malteses.

Debido a su antigüedad y al riesgo de erosión, en 2008 y 2009 se instalaron grandes estructuras protectoras que cubren Mnajdra y Hagar Qim, con el fin de reducir el deterioro causado por la lluvia, el viento y la sal marina. Esta intervención se justificó porque desde su excavación, hace menos de dos siglos, se ha observado un deterioro progresivo de los bloques, especialmente los de caliza globigerina. Heritage Malta indica que estas cubiertas se diseñaron como solución temporal mientras se estudian alternativas de conservación a largo plazo.

