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Tras mucho leer y rebuscar por Internet y en la guía de la Lonely Planet elaboré el itinerario que más nos convenía seguir. Por lo que estuve leyendo, casi todo el mundo que va a Japón por libre acaba moviéndose en tren entre las ciudades, así que nosotros hicimos lo mismo, y por tanto decidimos comprar el JR PASS. Este documento es como un bono que te permite hacer un uso ilimitado de viajes en tren por todo el país, siempre que los trenes sean de la compañía pública JR y exceptuando un par de tipos de shinkansen o tren bala (no están incluidos los Nozomi y los Mizuho).
www.japan-rail-pass.es/
En Japón existen varias compañías de trenes, la JR pública (divida a su vez en varias compañías regionales) y otras privadas. El JR PASS no sirve para estas compañías privadas. Esto es importante tenerlo en cuenta en según que zonas, ya que a veces se puede llegar con compañía privada y con JR, por lo que habrá que optar por la pública. También hay zonas, como la península de Ise, donde no llega la JR y sólo es posible utilizar compañías privadas pagando el correspondiente importe.
Compañías ferroviarias en Japón:
Compañías públicas JR según las regiones:
El JR PASS también se puede usar en el Narita Express que comunica el aeropuerto de Narita con Tokyo y en el ferry de Miyajima, así como en la Yamanote Line, una línea circular en Tokyo que une muchos de los sitios de interés de la capital.
Existen tres modalidades de JR PASS, según la duración elegida: 7 días, 14 días o 21 días, con precios de 215 euros, 344 euros y 440 euros respectivamente. Nosotros decidimos comprar el JR PASS de 21 días, ya que además de que económicamente nos salía muy rentable, también nos facilitaba mucho las gestiones a la hora de comprar billetes de tren y reservar asientos. En algunos trenes japoneses (los de alta velocidad y los que no son locales básicamente) hay vagones donde solamente puedes entrar con asiento reservado y otros vagones donde no hace falta reservar asiento. Si no tienes asiento reservado tienes que entrar en estos últimos y puede que te encuentres con que todo está ocupado y te toca ir de pie todo o parte del trayecto. La reserva de asiento te asegura un asiento para ti durante tu viaje pero tiene un coste adicional al billete, que en algunos casos es muy significativo. Lo bueno del JR PASS es que la reserva del billete está incluida y por tanto no abonas ningún coste extra. De todos los desplazamientos en tren que hicimos solamente en uno nos quedamos sin asiento y tuvimos que ir de pie ya que ya no quedaban plaza de asientos reservados y tuvimos que ir en un vagón de asientos no reservados.
Para consultar horarios de trenes, precios, etc., la página Hyperdia es fundamental. Allí se puede buscar todos los horarios que quieras, tanto de líneas públicas como privadas, frecuencias, precios, etc. Yo llevaba ya buscados los trenes que queríamos coger cada día según el horario que mejor nos venía, sobre todo en los que era necesario reservar asientos (los que van entre ciudades grandes principalmente, en los locales que serían como los cercanías no es necesario), y los tenía organizados por una guía que llevaba en el móvil. Esto me fue muy útil a la hora de ir a comprar los billetes y reservar asientos en las oficinas de JR de las diferentes estaciones, ya que normalmente no hablan mucho inglés y si les enseñas eso lo entienden perfectamente y me facilitó muchísimo los trámites. La dirección de la página es:
www.hyperdia.com/en/#
El JR PASS está disponible sólo para ciudadanos extranjeros que visitan Japón, y la compra debe hacerse por internet antes de ir. Ellos te envían por mensajero un vale que debes canjear ya en Japón en una de las oficinas principales de JR (aeropuertos y estaciones de tren de grandes ciudades básicamente). Una vez allí indicas qué días quieres activarlo y a partir de ahí es válido el número de días que hayas contratado.
Para elaborar el itinerario teníamos claro que queríamos meter diferentes tipos de visitas y actividades, no abusar de los templos porque si no podíamos acabar algo saturados, y que además de ciudades y cultura también queríamos ver algo de naturaleza y visitas "lúdicas" si era posible. Éste fue el itinerario previsto y en base al cual buscamos alojamientos:
Día 27 julio: salida desde Málaga hacia Osaka-Kansai.
Día 28 de Julio: llegada a Osaka-Kansai y traslado a Kyoto, ciudad en la que pasaríamos las 6 primeras noches.
Día 29, 30 y 31 de Julio: Kyoto. Esto fue lo que más me costó planificar, la distribución de las visitas dentro de la ciudad de Kyoto para minimizar los traslados en transporte público. En Kyoto nos moveremos principalmente en bus, aunque también será necesario algún trayecto en tren.
Día 1 de Agosto: Inicio de periodo de validez del JR PASS. Excursión a Nara y Fushimi Inara desde Kyoto.
Día 2 de Agosto: Excursión a Himeji y Kobe desde Kyoto.
Día 3 de Agosto: Traslado a Miyajima y resto del día para ver la isla. Noche en Miyajima.
Día 4 de Agosto: Traslado a Beppu, en la isla más occidental, Kyushu. Ese día completar la ruta de los infiernos de Beppu.
Día 5 de Agosto: Ver otros puntos de interés de Beppu y aprovechar para probar los onsen tradicionales.
Día 6 de Agosto: Recorrer parte de la isla de Kyushu: Usuki, garganta de Takachiho, volcán Aso. Para este día es necesario reservar un coche de alquiler.
Día 7 de Agosto: Traslado a Matsusaka y de camino parar unas horas en Hiroshima. Dormir en Matsusaka.
Día 8 de Agosto: Parque de atracciones Shima Spain Village.
Día 9 de Agosto: Traslado a Takayama y por la tarde vamos a Shirakawago. Dormir en Takayama.
Día 10 de Agosto: Takayama.
Día 11 de Agosto: Traslado a la zona de los 5 lagos. Dormir en Kawaguchiko o cerca.
Día 12 de Agosto: Bosque de los suicidios, aldea Iyashi no sato. Recorrido en bus por la zona.
Día 13 de Agosto: Parque de atracciones Fuij-Q, Kawaguchiko.
Día 14 de Agosto: Traslado a Tokyo y empezar a ver la ciudad esa tarde. A partir de aquí dormimos en Tokyo.
Días 15 al 20 de Agosto: Tokyo, y dos días de ellos excursiones a Nikko y Kamakura-Yokohama. Los desplazamientos en Tokyo se harán básicamente en la Yamanote Line, con algún tramo extra en metro no incluido en el JR PASS.
Día 21 de Agosto: Vuelta a Málaga desde Narita con escala en París.
El itinerario se cumplió bastante bien, quitando algunas modificaciones que hubo que hacer por motivos ajenos a nuestra voluntad que ya iré contando
, ya que el viaje acabó siendo algo accidentado en algunos momentos.En las próximas etapas iré desgranando cada uno de los días con lo que vimos y algunas modificaciones que tuvimos que hacer sobre la marcha.
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Últimos comentarios al diario: 
Yo también sufro de cólicos y piedras (6 en los últimos 7 años) y menudo valor le echó tu chico al montarse así en el avión...yo creo que no me hubiese atrevido; me cuesta hasta coger el metro cuando estoy así por si me da el arrechucho, como yo digo. Me alegro de que mejorara a los pocos días y pudierais disfrutar del viaje. 
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