Los Shaybánidas eran una dinastía musulmana mongola. El poderoso kan Abu l-Jayr consiguió reunir en 1429 a las tribus nómadas de los shaybánidas que vivían entre el río Tobol, los montes Urales y el Sir Daria bajo el nombre de Ulus Uzbek. Aparece por primera vez en la historia el término «uzbeko», sin significado étnico, derivado del nombre de Özbeg Jan, príncipe mongol del siglo XIII que implantó el islam en el seno de la Horda de Oro.
Abū l-Jayr, al conquistar Corasmia en 1447, intentó crear un estado uzbeko sólido, pero fue asesinado en 1468 por pueblos que habitaban en el actual Kazajistán. Su sobrino, el príncipe Muhammad Shaybani refundó, junto a su hermano Mahmud, el kanato de Uzbekistán; más tarde, con la ayuda de mercenarios de Astracán, conquistó las ciudades de Bujara y Samarcanda. Murió en un combate contra los persas en 1510.

Otros sultanes chaibanidas, Ilbars y Bilbars, tomaron posesión de Jiva en 1511. Sin embargo, el kanato no aseguró su territorio hasta 1512, después de vencer a los mogoles de Babur, pero sin poder consolidar un estado único y fuerte. Hacia el 1512, el kanato uzbeko fue gobernado por cuatro kanes que reinaron de modos muy diferentes.

La dinastía de los shaybánidas llegó a su fin en 1598 con el asesinato de 'Abd al-Mu'min. Durante la segunda mitad del siglo xvii, el kanato de Bujara conoció un cambio dinástico y fue gobernado por una línea originaria de Astraján, los janidas, descendientes de Jochi. Un gran parte de las tribus uzbekas descendientes de Abū-l-Jayr se reunieron en el norte, especialmente en el valle del río Chu, dando origen a la etnia de los kazajos.
La Transoxiana quedó dividida en tres kanatos: Khiva, Bujara y Kokand.
El Kanato de Jiva fue el más antiguo de los tres kanatos uzbekos; existió entre 1512-1920 al sur del mar de Aral. Su capital estaba situada en un principio en Kunya-Urgench, pero tuvo que ser trasladada a Jiva, una pequeña fortaleza, después de un cambio inesperado en el curso del río Amu Daria en 1598. Durante algunos siglos, Jiva se convirtió en uno de los centros del mundo islámico, antes de convertirse en parte integrante del Imperio ruso en 1873.
El emirato de Bujará (1599-1920) fue un estado centroasiático con capital en Bujara que incluía la ciudad de Samarcanda.

La dinastía de los janidas reinó en este emirato desde 1599 a 1785 tras haber derrocado a los descendientes de Jochi, la dinastía uzbeka de los chaibanidas. El Kanato de Bujará se renombró como «emirato» en 1785 tras la conquista de Nadir Shah. En 1868, el emirato de Bujará se convirtió en un protectorado de Rusia. Poco después de la Revolución de Octubre, tras la toma de Bujara por las tropas del Ejército Rojo (2 de septiembre de 1920, perdió de forma definitiva su independencia para forma la República popular soviética de Bujara, antes de integrarse en 1924 en la República Socialista Soviética de Uzbekistán y en la República Socialista Soviética de Tayikistán.
El Kanato de Kokand, que tuvo sus orígenes en la ciudad de Farg'ona, fue un estado que existió entre 1709 y 1876 en los territorios de los actuales Uzbekistán, Tayikistán y Kirguistán. Las grandes hordas nómadas de kirguises y kazajos se convirtieron pronto en sus vasallos.
A principios del siglo XIX, Cocanda se anexionó la ciudad de Taskent.
Acosado por las tribus turcomanas y kazajos, el Khan de Khiva ofreció vasallaje al zar Pedro el Grande a cambio de protección. En 1717, cuando llegaron las tropas rusas, el Khan había cambiado de opinión. Después de una gran acogida, soldados y oficiales fueron asesinados.
En 1801 el zar envió a 20.000 soldados para expulsar a los británicos de la India. De paso tenían que liberar a los esclavos rusos que hubiera en los khanatos uzbekos. La repentina muerte del zar suspendió la operación.
Los rusos llegaron a la región a finales del siglo XIX, tras una fulgurante victoria del general Mijaíl Cherniayev en Chimkent (actual Kazajistán) en 1884. Sometieron a las tribus nómadas kazajas, así como a los kanatos de Bujara y de Jiva; seguidamente, sometieron el actual Uzbekistán, incluida Taskent (1865). Los territorios conquistados se reagruparon en un conjunto administrativo llamado Gobernación general del Turquestán. En 1867, Taskent se convirtió en la capital del Turquestán.

En marzo de 1876, el Kanato de Kokand cayó en manos rusas, tras diversos combates encarnizados protagonizados por las tropas dirigidas por los generales Konstantin Petrovich Von Kaufman y Mijaíl Skobelev. Los kanatos de Bujara y de Jiva, convertidos en protectorados rusos en 1868, perdieron por completo su soberanía en 1920 cuando quedaron integrados en el Turquestán ruso.
En 1916, los uzbekos se rebelaron contra las autoridades rusas pero la rebelión fue reprimida de forma severa por el zar.
Uzbekistán, como república y como nación única y diferenciada, nació después de que el 27 de octubre de 1924 diversas entidades territoriales existentes en Asia Central (una parte del Turquestán, de la república de Bujara y de la de Jiva) fueran reagrupadas en la República Socialista Soviética de Uzbekistán (RSS de Uzbekistán).
En 1928, Stalin ordenó la colectivización forzosa de todos los campesinos de la Unión Soviética. La revuelta de los basmachis uzbekos (esencialmente de origen campesino) se inició en 1916 y fue reprimida hacia 1926. La revuelta se reanudó de nuevo poco después y no finalizó hasta los años 1940.
Durante los años 1937-38, durante las «grandes purgas» de Stalin, fueron ejecutados numerosos funcionarios y nacionalistas uzbekos.

Durante la Segunda Guerra Mundial, Uzbekistán acogió a miles de familias soviéticas que huían de la invasión hitleriana, incluidos numerosos huérfanos de guerra, lo que aceleró la ‘’rusificación’’ de la república, sobre todo de su capital, Taskent. Una parte de las industrias pesadas de la zona europea de la URSS también fue evacuada. Estas fábricas se ubicaron en Uzbekistán después de la guerra, lo que contribuyó a la industrialización de la zona.
Hacia la década de 1950 se erradicó casi por completo el analfabetismo. También para esa época eran muy pocas las mujeres que aún llevaban el chador y todas las jóvenes recibían la misma educación pública que los hombres.
Anticipándose a la ruptura de la antigua URSS, el Sóviet Supremo de la RSS de Uzbekistán declaró la independencia del país el 31 de agosto de 1991, ratificada más tarde en un nuevo referéndum que esta vez obtuvo una mayoría aplastante en favor de la independencia.

Después de su independencia, Uzbekistán se constituyó bajo un régimen presidencial que rayaba el autoritarismo. El país está dirigido desde 1989 por Islam Karimov, antiguo dirigente del Partido Comunista de la República y fundador del Partido Popular Democrático de Uzbekistán. Bajo el régimen de Karimov, todos los partidos de la oposición, incluso los moderados, fueron prohibidos y las corrientes disidentes, sobre todo las de carácter islámico, reprimidas. Los medios de comunicación y todos los aspectos de la vida social, política y económica, así como la propia cultura se encuentran bajo una estrecha tutela y censura por parte del aparato del Estado.
La represión de las autoridades uzbekas de todo lo relacionado con el islamismo provocó que algunas corrientes extremistas llevaran a cabo atentados con bombas. El 16 de febrero de 1999, la capital, Taskent, sufrió seis explosiones, una frente al Parlamento que explotó poco antes de la llegada del presidente Karimov. Las bombas causaron 16 muertos y 130 heridos y provocaron serios daños en edificios gubernamentales así como en la sede social del Banco Nacional de Uzbekistán.
En diciembre de 2007, Islam Karimov fue reelegido en el poder en unas elecciones fraudulentas. De acuerdo con la constitución, Karimov no era elegible para presentarse como candidato, ya que había cumplido dos mandatos presidenciales consecutivos y, por lo tanto, su candidatura era ilegal. Antes de las elecciones fueron encarcelados opositores al gobierno. Amnistía internacional se pronunció a menudo en repulsa al presidente.

En 2016, Islam Karimov murió después de una semana tras haber sufrido un derrame cerebral. Fue reemplazado por Shavkat Mirziyoyev, quien era el líder interino de Uzbekistán tras la muerte de Karimov. En diciembre de 2016, Shavkat Mirziyoyev ganó las elecciones presidenciales con claros signos de fraude. En 2021 ganó unas segundas elecciones. Recientemente ha hecho reformas constitucionales (con un referéndum poco creíble) para dejar en papel mojado sus dos mandatos anteriores y seguir siendo reelegido. Su política es algo más suave pero también dictatorial y de gran amistad con Rusia (de hecho nuestro viaje coincidió con una visita de estado de Vladimir Putin, al que recibieron en Tashkent con grandes pantallas con su imagen y un mensaje de bienvenida muy pelota).
